برای اثبات این ادعا، پتن‌کوفر تصمیمی گرفت که امروز از نظر اخلاق پزشکی و ایمنی زیستی غیرقابل تصور است. او از همکاران رابرت کخ درخواست کرد نمونه‌ای از کشت خالص باکتری وبا را برایش ارسال کنند. پس از دریافت نمونه، ابتدا محلول بی‌کربنات سدیم نوشید تا اسید معده‌اش خنثی شود و باکتری‌ها سالم وارد روده شوند. سپس در حضور شاهدان، محلول حاوی میلیاردها باکتری را نوشید و تمام اتفاقات روزهای بعد را با دقت ثبت کرد.
پتن‌کوفر این نتیجه را یک پیروزی بزرگ برای نظریه خود دانست. او اعلام کرد که اگر باکتری به‌تنهایی عامل بیماری بود، باید به وبای شدید مبتلا می‌شد. از نگاه او، این آزمایش نشان می‌داد که برای ایجاد بیماری، عوامل محیطی دیگری نیز لازم هستند.
با این حال، اشتباه بودن نظریه پتن‌کوفر به معنای بی‌ارزش بودن خدمات او نبود. برعکس، او یکی از پیشگامان بهداشت عمومی در اروپا بود. تلاش‌های او برای توسعه شبکه فاضلاب، تأمین آب سالم، بهبود تهویه ساختمان‌ها و ارتقای استانداردهای بهداشتی، نقش مهمی در کاهش بیماری‌های واگیردار در شهر مونیخ داشت و بعدها الگوی بسیاری از شهرهای اروپایی شد. حتی منتقدانش نیز اذعان داشتند که اقدامات او جان هزاران نفر را نجات داد، هرچند توضیحش درباره علت وبا نادرست بود.
امروز، آزمایش پتن‌کوفر یکی از مشهورترین نمونه‌های «خودآزمایی علمی» در تاریخ پزشکی به شمار می‌رود؛ آزمایشی که هم شجاعت یک دانشمند را نشان می‌دهد و هم اهمیت پذیرش شواهد علمی را. او حاضر شد جان خود را برای دفاع از نظریه‌اش به خطر بیندازد، اما در نهایت علم با داده‌ها و پژوهش‌های دقیق‌تر مسیر دیگری را نشان داد.
